À la suite d'une consultation, concernant la situation au regard du droit à congé annuel des fonctionnaires réintégrés à l'issue d'un congé de longue durée, le secrétaire d'État auprès du Premier ministre chargé de la fonction publique et des réformes administratives a apporté par lettre rappelée en référence les précisions suivantes :

« En application de l'article 29 du décret du 14 février 1959 , le temps passé en congé de longue durée est valable pour l'avancement à l'ancienneté et entre en compte pour la retraite ; mais, en vertu de l'article premier de ce même texte, seuls les congés de maladie sont considérés comme service accompli au regard du droit à congé annuel des fonctionnaires de l'État.

L'agent bénéficiant d'un congé de longue durée ne peut être assimilé à cet égard à un agent qui a exercé effectivement ses fonctions. Le fonctionnaire en congé de longue durée est remplacé dans son emploi et c'est pourquoi aux termes du chapitre III du titre IV de l'instruction n^o 4 du 13 mars 1948 « si le cumul de deux congés de nature différente est juridiquement possible, il ne peut en être de même, ainsi que l'a précisé l'avis du Conseil d'État en date du 8 octobre 1947, lorsque le fonctionnaire placé en congé de longue durée est remplacé dans son emploi. »

Dans ces conditions, il n'est pas question de nier le droit à congé annuel du fonctionnaire réintégré après un congé de longue durée, mais la durée du congé annuel auquel il peut prétendre devra être déterminée en fonction de la date de reprise du service et de la durée des services effectivement accomplis.